Danıştay, sonuçlara yüzde 5 etki eden 'davranış puanı'nın yürürlüğünü durdurdu. Yerel mahkemeler ise özürlü öğrencilere moral için verilen yüksek notlarla ilgili iptal kararı aldı. Bunun üzerine bakanlık, kaynaştırma yoluyla eğitim yapılan 5 bin 26 sınıftaki engelli öğrencinin puanlarını normal öğrencilerden ayırdı. Yeni durumda sınav sonucu, SBS puanının yüzde 70'i, yıl sonu başarı puanının yüzde 25'i esas alınarak ve en yüksek puan 500'e ötelenerek hesaplandı. Neticede 6. sınıflarda 281 öğrencinin puanı değişmezken, 979 bin talebenin düştü, 13 bininin notu ise arttı. 2008 SBS'ye girenler arasında en yüksek düşüş (18,5), davranış notu tam, ancak SBS ve yıl sonu başarı puanları çok düşük olan öğrencilerde görüldü. En yüksek artış (10,301) ise davranış puanı 40 olduğu için sınıf notu olumsuz etkilenen öğrencilerde yaşandı. Yeni hesaplamada 7'nci sınıflarda ise 39 öğrencinin sınav sonucu aynı kalırken, 979 bin öğrencinin azaldı, 12 bin 500'ünün yükseldi. 7'nci sınıflarda sınava girenler arasında en fazla düşme bir öğrencide 18,132 puan, en fazla artış ise 7,187 olarak gerçekleşti.